Met het Wetsvoorstel gerichte bekostiging blijft voor het onderwijs onzekerheid bestaan over de financiering, zoals dat nu het geval is met de vele tijdelijke subsidies die het onderwijs over zich uitgestrooid krijgt.
In het wetsvoorstel staat onder andere dat artikel 4.10 van de Comptabiliteitswet 2016 van overeenkomstige toepassing wordt verklaard. Dit heeft tot gevolg dat de gerichte bekostiging voor maximaal vijf jaar verstrekt kan worden. Daarna kan de geldkraan weer worden dichtgedraaid. Hierdoor blijft er onzekerheid voor scholen en blijft langetermijnbeleid onmogelijk. De gerichte bekostiging is hiermee niet in lijn met het Regeerprogramma, waarin structurele financiering voor structurele taken wordt aangekondigd, zo staat in de reactie van VOS/ABB en de collega-profielorganisaties op de internetconsultatie over het wetsvoorstel.
Een ander punt is dat gerichte bekostiging zal leiden tot meer administratieve lasten voor de schoolbesturen. Dit terwijl het kabinet wil dat de lastendruk omlaag gaat. Bovendien beoogt het wetsvoorstel meer controle op wat scholen doen, net zoals dat nu het geval is met gerichte subsidies. Dit beperkt de beleidsvrijheid van de scholen.